它可能会成为一块大型软件包中的模板

它可能会成为一块大型软件包中的模板有许多文献报道或未报道的分子对接软件，其中许多最初由实验室开发，并免费发布当软件非常完美，没有缺陷时，它可能会被特殊的商业软件公司购买，并成为一个大型软件包中的模块事实上，不仅是分子对接软件，还有药效组软件、定量结构关系软件、数据库筛选软件等，都是这样的发展过程。

然而，在商业化浪潮的影响下，仍有一些实验室仍然为我们提供免费和强大的软件，甚至源代码（source code）

1、AutoDock根据官方数据，autodock是引用文献最多的软件（Sousa, Fernandes & Ramos (2006) Protein-Ligand Docking: Current Status and Future Challenges Proteins, 65:15-26）。

只要下载协议单，AutoDock就向外提供源代码（license agreement），签名后传真发回，即可获得下载链接和账号信息有一些精美的小电影可以下载：autodock.scripps.edu/movies

官方主页：autodock.scripps.edu/2、DOCK以源代码还发布了DOCK，对学术用户免费您可以向官方发送电子邮件申请，他们将返回下载链接和帐户，可以使用5次五次用完后，新版本可以再次使用sohu.com邮箱发送电子邮件，声明想要更多的登录机会申请新版本，并获得5次机会。

所以，如果你对DOCK感兴趣，不妨发邮件，应该是一样的当然，如果使用edu.cn信箱，成功的几率会更大3、3D-DOCK免费以源代码发布分为三部分：FTDock, RPScore，MultiDock4、FRED

它是Openeye软件包中的一个模块Openeye软件包为学术用户免费一年，普通用户可申请两个月的试用期只需在线申请即可，无需下载申请表打印签名发传真FRED速度快，可在各种平台上运行试用版可以从这里申请：www.eyesopen.com/forms/eval_request.除分子对接软件外，phpopeneye软件包还包括数据库筛选软件、分子格式转换软件（Babel），图形可视化软件（Vida），溶剂化工具等。

官方主页：www.eyesopen.com/5、Surflex免费学术用户官方主页：www.biopharmics.com/products.html6、HEX免费软件，由于了解有限，不多做介绍7、FlexX。

它是另一个运行速度超快的分子对接软件，收费但是，试用版可以申请6周，速度非常快有独立的操作版本和Sybyl软件包(Tripos Co. Ltd.)中间的一个模块官方主页：www.biosolveit.de/FlexX/。

8、Glide收费软件是Maestro软件包中的一个模块操作速度也很快9、GOLD收费软件，精度好以前可以申请2个月的试用版，不知道现在还行不行10、ICMICM-Pro是一个非常大的软件包，收费，功能强大，据说精度也很高。

但是ICM-Browser是免费的，可以下载下载链接：www.molsoft.com/icm_browser.官方主页html：www.molsoft.com/index.html11、MVD官方数据显示，对接精度最好的软件，甚至超过Glide、Surflex、Flexx等软件。

提供一个月的试用期使用后感觉运行速度很慢，按默认设置，对接一个分子需要10分钟以上介绍的软件大多是大分子与小分子配体分子对接的软件当然，有些软件也可以连接大分子越来越多的文献报道蛋白质－蛋白质和蛋白质－ESCHER等核酸分子对接、MONTY、HADDOCK、Z-DOCK、FTDOCK也可以在HEX等软件中做这项工作。

如果有机会，我们会再做一次介绍

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